R paketi haplotypes’ın kullanımı

Bu yardım sayfası yeni başlayanlar içindir. Mac OS X işletim sistemi için hazırlanmıştır ama R programı ve haplotypes paketi uygun şekilde yüklendikten sonra 6. basamak ve sonrası diğer işletim sistemleri için de kullanılabilir.

1- R programını indirme:

http://cran.us.r-project.org/

2- Programı yükledikten sonra, R konsolunu açmak için R simgesine çift tıklayın:

3- Bir R paketi yükleme için, görev çubuğunda “Packages & Data” sekmesinde “Package Installer” komutunu seçin.

4- Açılan pencerede Cran (sources)

Choose Cran (sources) on the dropdown menu and click the “Get List” button. This returs a list of available source packages.

5- Type “haplotypes” into the ‘Package Search’ field and click the package name, check the “install dependencies” box, and then the “Install Selected” button to install the package.

6- Type or copy and paste the following command at the R console and hit enter.

library(haplotypes)

 

Examples

Read FASTA file ‘example.fas’ in package haplotypes. read.fas() function returns an object of class ‘Dna’, which holds the DNA Sequence data.

f<-system.file("example.fas",package="haplotypes") 
x<-read.fas(file=f)
x

Alternatively, you can load the DNA Sequence data set.

data("dna.obj") 
x<-dna.obj
x

Compute an absolute pairwise character difference matrix from DNA sequences. distance() function returns an object of class ‘dist’. Code gaps using simple indel coding method.

d<- distance(x,indels="sic") 
d

Treat gaps as a fifth state character.

d<- distance(x,indels="5th") 
d

Treat gaps as a missing character.

d<- distance(x,indels="missing") 
d

Infer haplotypes (unique DNA sequences) using the ‘Dna’ object. Code gaps using simple indel coding method. haplotype() function returns an object of class ‘Haplotypes’.

h<-haplotype(x,indels="s") 
h

Conduct statistical parsimony analysis with %95 connection limit. Code gaps using simple indel coding method. parsimnet() function returns an object of class ‘Parsimnet’.

p<-parsimnet(x,indels="s",prob=.95)
p

Plot statistical parsimony network with default parameters.

p<-parsimnet(x,indels="s",prob=.95)
plot(p) 

You can interactively adjust vertex positions.

p<-parsimnet(x,prob=.95)
plot(p,indels="s", interactive=TRUE)
Reklamlar

Bir Cevap Yazın

Aşağıya bilgilerinizi girin veya oturum açmak için bir simgeye tıklayın:

WordPress.com Logosu

WordPress.com hesabınızı kullanarak yorum yapıyorsunuz. Çıkış  Yap / Değiştir )

Twitter resmi

Twitter hesabınızı kullanarak yorum yapıyorsunuz. Çıkış  Yap / Değiştir )

Facebook fotoğrafı

Facebook hesabınızı kullanarak yorum yapıyorsunuz. Çıkış  Yap / Değiştir )

Google+ fotoğrafı

Google+ hesabınızı kullanarak yorum yapıyorsunuz. Çıkış  Yap / Değiştir )

Connecting to %s